Strain Afrika Selatan juga membawa mutasi yang disebut E484K dan K417N, yang mempengaruhi mekanisme protein lonjakan virus yang digunakan untuk menempel pada sel manusia. Ini dapat mengganggu cara vaksin menargetkan virus.

Badan Keamanan Kesehatan Inggris mengatakan bahwa varian, yang disebut B.1.1.529  memiliki protein lonjakan yang secara dramatis berbeda dengan yang ada pada virus corona asli yang menjadi dasar vaksin COVID-19.